隨著鐵路地下化推進，台南火車站站區與基地周邊發展，未來如何將鐵路縱貫線原本剖切東、西兩半空間結構串聯起來，將成為都市縫合重要場域，為台南奠定下一個百年發展利基。都發局表示，台南火車站新站體規劃設計案預計2020年11月中旬進行都市設計審議，至於整體站區與周邊土地，目前為「鐵路用地」，將都市計畫變更為「車站專用區」。
文化界擔憂高樓林立抹除在地記憶
未來鐵路地下化後，台南火車站站區做為台南門戶，未來結合商場、觀光、辦公及住宅的多元複合使用，同時改善交通需求。然而，都市更新帶來商業開發，隨之而來的高樓大廈勢將遮蔽天際線，百年古蹟車站、壽陸橋及因鐵路地下化工程被挖掘出土的鐵道設施遺構，更是維繫文化記憶與歷史地景最重要資產，倘若這些城市演變見證被衝高的建築淹沒，文化界憂心這裡反而成為全台南最壓迫的空間，「沒有縫合，只有阻隔」，更讓「文化立市」的台南古都失去獨特性。
都發局允諾注意天際線
台南市都發局長莊德樑表示，未來站區規劃因牽涉台南火車站古蹟保存及周邊發展經濟效益，台鐵局即將送案提審議，屆時市府會要求行人、車輛通行及開放空間貫通性，並注意大樓天際線問題。
莊德樑進一步說明，至於台南車站舊站古蹟，台鐵局正進行修護中，新的站體則完成初步規劃設計，會新舊融合保留舊站古蹟及出入口功能，未來台南車站並以下沉式廣場連結地面層及地下大廳，延續第1月台棚架元素，新、舊站視覺穿透，新站體高度也不會超過舊站古蹟。
現代與古蹟交織 車站獨特風貌
交通部鐵道局將新建地下化的台南車站，提供現代化車站旅運服務功能，地面站體主要為多功能展示及商業空間，量體形式與外觀造型將與既有的古蹟車站呈現新舊共榮的門戶意象，而同是古蹟的第1月台，則將融合成為城市穿廊軸線上，橫向伸展的空間記憶與活動延伸。
交通部鐵道局中部工程處長黃鳳岡表示，未來新建的下沉式廣場更將串聯東、西2區，成為都市交匯的節點，至於上面路面層如何有效運用，尚待交通部與市府討論，新站體規劃設計還有一段時間才能定案。